Pendant les deux décennies de guerres qui déchirèrent le Liban, le Musée National a souffert des violences les plus absurdes. Profitant des périodes de trêve, l’éminent archéologue, l’Emir Maurice Chéhab, entreprit de “murer” dans le sous-sol les petits objets précieux et de faire couler des chapes de béton armé autour des sarcophages, mosaïques et statues.

En 1991, lorsque la guerre prend fin, le constat de la destruction est terrible; tout est à refaire. Dès 1995, le Ministère de la Culture/Direction Générale des Antiquités (DGA) entreprend la réfection du bâtiment.

En novembre 1996, la Fondation Nationale du Patrimoine s’attèle à cette gigantesque entreprise, déterminée à réhabiliter le Musée National.

Elle lance dans ce but des opérations de financement des travaux par:
• la subvention et la vente d’un film vidéo “Défi à l’oubli” qui révèle l’état délabré du Musée et des pièces qui y étaient entreposées ou cachées pendant la guerre;
• l’organisation des Concerts du Musée : le premier étant celui de Joelle Zeeni, soprano, le 21 décembre 1996, puis celui des flûtistes Jean-Pierre Rampal et Claudi Arimani le 26 avril 1997, et enfin un récital de poèmes de Geneviève Page le 25 septembre 1997.

Les donations reçues en 1997 et les Concerts du Musée ont permis le financement de:
• la restauration de l’intérieur des bâtiments et de la majorité des sculptures et des petites pièces;
• différentes missions d’études étrangères, dont la plus importante est celle de Jean-Michel Wilmotte pour une nouvelle muséographie;
• le soclage des grandes pièces, la pose de portes vitrées et l’aménagement des jardins;
• la création de la “Boutique du Musée”.

Le 25 novembre 1997, le Président de la République, Monsieur Elias Haraoui inaugura le rez-de-chaussée du Musée et une partie de son sous-sol. La cérémonie s’accompagna de la pose d’une plaque commémorative portant les noms des principaux donateurs.

Cette réouverture partielle a permis au public libanais de renouer avec son passé, d’apprécier les travaux effectués et de mesurer l’effort qui reste à déployer. Elle redonna au Musée National une place de choix parmi les Musées du Moyen Orient, et le transforma en une étape obligatoire pour les touristes visitant le Liban. En 1998, lorsque Beyrouth fut désignée Capitale culturelle du monde arabe, 50 000 entrées au Musée ont été enregistrées sur une période de 8 mois.

Le 15 juillet 1998, le Musée referma provisoirement ses portes pour effectuer la seconde phase des travaux de restauration qui comporte: la réfection du premier étage, les vitrines et le soclage, la climatisation, les ascenseurs, l’insonorisation, la sécurité, l’étanchéïté et l’agrandissement de l’espace Boutique.

Le 8 octobre 1999, le Musée fut réouvert au public sous le Haut Patronage du Président de la République le Général Emile Lahoud représenté par le Ministre de la Culture et de l’Enseignement Supérieur, Monsieur Mohamed Youssef Beydoun, dont le soutien fut précieux.

Le coût total de la réhabilitation du Musée atteignit plus de 5 millions de dollars U.S., dont 4 millions et demi furent offerts à la Fondation par des donateurs privés ayant à coeur la restauration et le réaménagement du Musée National; le reste représente la contribution de l’Etat qui a permis de mener à bien ce projet.